Prodi Manajemen Bisnis Syariah lahir setelah setelah terbitnya SK Kementerian Agama RI Nomor 980 Tahun 2022 tentang Izin Penyelenggaraan Prodi Manajemen Bisnis Syariah pada tanggal 30 Agustus 2022. Secara resmi, Prodi Manajemen Bisnis Syariah menerima mahasiswa baru pada tahun akademik 2023/2024, angkatan pertama sebanyak 94 mahasiswa.

Harapan masyarakat Madura agar IAIN Madura memiliki prodi yang menghasilkan lulusan berorientasi praktisi bisnis syariah dan kedalaman ilmu manajemen syariah, menjadi latar belakang utama Prodi Manajemen Bisnis Syariah ini di inisiasi dan dibentuk. Sehingga kedepan menjadi pelengkap keberagaman prodi-prodi di lingkungan Fakultas Ekonomi dan Bisnis Islam. Saat ini prodi Manajemen Bisnis Syariah mendapatkan Akreditasi Baik, sesuai dengan SK Akreditasi Minimum Lembaga Akreditasi Mandiri Ekonomi, Manajemen,  Bisnis dan Akuntansi, Nomor 003/DE/A.5/AR.11/VIII/2023